Spezielle PCR-Tests: Den Virus-Varianten auf der Spur

30.000 Buchstaben ist das Genom (Erbgut) des Sars-Cov-2 lang. "Erstaunlich lange für ein Virus", so der Befund von Andreas Bergthaler. Er ist Virusimmunologe vom CeMM Forschungszentrum für Molekulare Medizin in Wien und Teil des Teams, das die neuen Varianten auch in Österreich ausfindig machte. Um eine der neuen Virus-Varianten von der bisherigen unterscheiden zu können, muss man diese 30.000 Buchstaben prüfen – das sogenannte Sequenzieren.

Das dafür notwendige Zeitfenster ist jedoch erheblich größer als beim herkömmlichen PCR-Test. Mindestens eine Woche so Bergthaler. Denn die 30.000 Buchstaben lange Kette wird erst in einzelne Abschnitte – mit einer Länge von je etwa 500 Buchstaben – geteilt, diese werden dann ausgelesen und wieder zusammengefügt. Im Vergleich zu anderen bereits sequenzierten Proben könne man dann Abweichungen, also andere Varianten erkennen.

Hinweis auf eine Infektion mit der Virus-Variante kann aber auch schon der PCR-Test geben. Wenn er dafür modifiziert ist, was laut Bergthaler relativ wenig Aufwand bedeutet. "Man kann den PCR-Test auf eine gezielte Mutation ausrichten, schlägt dieser dann aus, deutet das schon stark auf eine der Varianten hin." Um sich ganz sicher zu sein, werden diese Proben dann noch sequenziert – wie bei den aktuellen Verdachtsfällen in Tirol und Wien.

"Virus im Auge behalten"

Das Sequenzieren des kompletten Genoms sei nicht nur wichtig, um in diesen Verdachtsfällen Sicherheit zu bekommen, sondern auch um einen Blick in die Zukunft der Pandemie zu richten. Denn weitere Varianten seien keinesfalls auszuschließen. Durch die Virenstammanalyse könne man diese frühzeitig erkennen und das Virus genau im Blick behalten.

Denn Sars-Cov-2 ist Experten zufolge besonders mutationsfreudig. "Zu Beginn der Pandemie waren die Sequenzen noch recht ident – im Lauf der Monate sind Veränderungen im Genom aufgetreten. Nun kann man die verschiedenen, weltweit zirkulierenden Virenstämme auch besser unterscheiden. Es ist jetzt zunehmend interessant, da häufiger hinzuschauen", sagt Virologe Stephan Aberle, MedUni Wien. Man schätzt, dass pro Monat zwei Mutationen auftreten.

Wie häufig Virusgenome sequenziert werden, ist unterschiedlich. Großbritannien etwa hat dafür ein spezielles Programm etabliert, in Dänemark werden im Verhältnis zur Einwohnerzahl noch mehr durchgeführt. "Die meisten Länder sequenzieren aber nicht in diesem Umfang", sagt Aberle. Österreich liege wie auch Deutschland im europäischen Mittelfeld.

Momentanes Ziel von Bergthaler und seinem Team ist, die Zahl der pro Woche sequenzierten Proben (200) zu verdoppeln. Um die Verbreitung der Virus-Varianten in Österreich einschätzen zu können, greift man auch auf Abwasserproben zurück. "Da es sich dabei um ein Gemisch handelt, können wir die Virusmutationen im Abwasser erst erkennen, wenn sie in zwei bis fünf Prozent der Fälle im Einzugsgebiet der Kläranlage vorhanden sind. Diese Messungen werden gerade ausgebaut und können uns einen guten Überblick geben", sagt Bergthaler.